Parafia w Zawoi jest pod wezwaniem Św. Klemensa papieża i męczennika. Do roku 1836 nosiła nazwę “Skawica”, dopiero 31.VIII.1836 r. otrzymała ta wioska nazwę “Zawoja”. Nazwa tej miejscowości Zawoja, prawdopodobnie ma swój źródłosłów w języku mołdawskim i znaczy “las nad rzeką”. Zawoja położona jest u stóp Babiej Góry, w kotlinie rzeki Skawica. Objęte są dwie kaplice i kościół parafialny. Domy w tej wiosce porozrzucane są na przestrzeni 12 km wzdłuż szosy oraz 5 – 7 km wszerz. Teren, na którym położona jest Zawoja wznosi się na wysokości od 480 – 700 m. n.p.m. Kościół parafialny w Zawoi stoi na wysokości 536 m. n.p.m. Do roku 1819 Zawoja należała do Parafii Maków Podhalański. Kroniki parafialne podają, że za panowania króla polskiego Augusta III i biskupa krakowskiego Andrzeja Załuskiego w latach 1757 – 1759 kosztem mieszkańców wsi Zawoja oraz Jana Hr. Wielopolskiego zbudowano pierwszy kościół na polanie zwanej Jastrzębią Starą Niziną na miejscu, na którym znajduje się obecnie kościół parafialny. Obok tegoż kościoła miał powstać cmentarz. Poświęcenia zbudowanego kościoła dokonał w roku 1759 ksiądz Jacek Łopacki infułat kanonik kapituły krakowskiej. Samoistną parafię w Zawoi utworzono 6.V.1818 r. z dotacją dla księdza proboszcza i dwóch księży wikarych. W dniu 7.V.1825 r. ksiądz biskup Tyniecki, następnie tarnowski Tomasz Ziegler dokonał konsekracji pierwszego kościoła w Zawoi. Pierwszy proboszcz ksiądz Marcin Leśniak objął parafię dopiero w 1835 r. Kroniki podają, że w 1847 r. nawiedził Zawoję wielki głód, który spowodował epidemię chorób zakaźnych tyfusu i cholery. W tym roku na ogólną liczbę parafian 4500 zmarło 889 osób. Ksiądz proboszcz Marcin Leśniak ratował cierpiących ludzi sprowadzając dla nich żywność. Zakupił również parcele gruntu dla powstałej szkoły, który to grunt do tej pory używany jest przez kierownictwo szkoły nr 1 w Zawoi. W 1856 r. ksiądz Marcin Leśniak opuścił parafię w Zawoi, udając się do Tarnowa na stanowisko kanonika kapituły biskupiej.
W roku 1888 kosztem arcyksięcia żywieckiego Albrechta na miejscu małego kościółka zbudowano z drewna obszerny kościół w formie krzyża. Sufit i chór wspiera się na żelaznych słupach. Na kościele wznoszą się trzy wieże, z których najwyższa przeznaczona jest na pomieszczenie dzwonów. Ksiądz proboszcz Franciszek Klis pokrył kościół blachą. W 1921 r. sprawiono do kościoła trzy dzwony, które później zostały zrabowane podczas okupacji przez hitlerowców. Obecne dzwony wykonane w Przemyślu w 1958 r. zostały konsekrowane przez księdza kardynała Karola Wojtyłę 23.XI. w dzień odpustu. Na uwagę zasługuje polichromia kościoła, która jest dziełem artystów malarzy z Krakowa, Zygmunta Milliego i Mariana Arczyńskiego wykonana od 8.V. do 2.VIII.1930 r. Posadzka w kościele jest ułożona z płyt mozaiki marmurowej, ławki i konfesjonały wykonane z drzewa modrzewiowego. Okna według projektu artysty malarza Witolda Jańczaka, wstawiono w 1969 r. Ołtarze są w stylu renesansowym zaś ołtarz Matki Bożej w stylu barokowym. Na terenie parafii Zawoja rozsianych jest mnóstwo małych kapliczek, przydrożnych krzyży, figur świętych. Ochroną zabytków objęte są trzy kaplice, a to kapliczka przy drodze u Kozinów w odległości 1 km od kościoła w stronę Skawicy, kapliczka na cmentarzu dolnym oraz piękna kapliczka z drzewa modrzewiowego na Mosornym. Przed ostatnią wojną zbudowano kaplicę na Wełczy, która jest pod wezwaniem Św. Andrzeja Boboli. Lud zawojski jest bardzo przywiązany do wiary katolickiej i do swego kościoła parafialnego. Lubi swój kościół, lubi nabożeństwa, dba o piękny wystrój kościoła. Mimo znacznych odległości dzielących ich domy od kościoła parafialnego, chętnie i bardzo licznie bierze udział w nabożeństwach niedzielnych i świątecznych.